Kojenerasyon sistemleri hem fosil yakıtlar ile hemde yenilenebilir yakıtlar ile çalışabilmektedir.

I. Fosil yakıtlar

Kojenerasyon üniteleri, hepsi geleneksel teknoloji alternatiflerine kıyasla benzersiz çevresel faydalar sunan çeşitli yakıtlarla çalışabilir.

2012 Avrupa Merkez Bankası'nın verilerine göre,  Avrupa'da doğalgaz kojenerasyonda % 49,5 payile en çok kullanılan yakıttır.

Doğalgaz yakıtlı uygulamalar:
Doğal gaz, yüksek ısıtma değeri, uygun yakıt maliyeti ve birçok lokasyonda bulunması gibi birçok fayda sağlar. Buna ek olarak, düşük karbon içeriğine sahip temiz bir yakıttır. Kömürle çalışan CHP'ye göre% 40 ila 50 daha az CO2 üretir. Bu özellikler, birçok kojenerasyon sisteminde doğalgazı seçkin yakıt haline getirir.

Kalorifer yakıtı,
Isıtma yağı, hacim başına yüksek bir enerji içeriğine sahiptir ve taşınması ve depolanması çok kolaydır.

II. Yenilenebilir yakıtlar

Yenilenebilir enerji ile beslenen kojenerasyon, çevresel sürdürülebilirliğin avantajlarını maksimum enerji verimliliği ile birleştirmektedir.

Isı üretimi için biyokütle;
Isı üretimi için katı biyokütlenin (ahşaptan elde edilen) yanması, verimlilik ve kirletici emisyonların azaltılması için sürekli bir yol izleyerek, dünyadaki temel CHP biyoenerji rotasıdır. Boyuta bağlı olarak birkaç sistem düşünülebilir. Hane halkı için küçük ölçekli ısıtma sistemleri, tipik olarak odun veya pellet kullanır. Orta ölçekli kullanıcılar genellikle ızgaralı kazanlarda odun yongaları yakarken, büyük ölçekli kazanlar atık odunlardan çıkan ve atılanlar da dahil olmak üzere daha geniş yakıt çeşitleri yakabilirler. Isı, kojenerasyon yoluyla orta veya geniş ölçekte üretilebilir; bu, endüstriyel prosesler için buhar şeklinde ısı sağlar ve bölge ısı ağları tedarik edebilir.

Biyogaz yakıtlı uygulamalar:
Birçok küçük ve orta büyüklükteki kojenerasyon sistemleri biyogaz ile faaliyet göstermektedir.
Ayrıca, biyogaz karbon emisyonu üretmez.

Biyodizel yakıtlı uygulamalar:
Günümüzde biyodizel yakıtı, bitkisel yağlar (kolza yağı gibi) ile biyokütle ile üretilmektedir. Biodizelin gelecekte yaygınlaşmasıyla kojenerasyonda kullanımıda artacaktır ve fiyat açısından rekabetçi olacaktır.

Jeotermal:
yaygınlaşan sistemlerden biride,bir kojenerasyon birimine bağlı jeotermal kaynaklardan gelen ısıyı kullanmaktır.